日本人的姓氏来源较汉族姓氏来得复杂，其中大致可分为从地名、国名、氏名、物象、职业、名、姓氏简略、转字、当字、佳字、信仰、外来、佛教、合字、赐姓、商号、皇族宫号、称谓、由两姓组合、公家、部民、神道、事件、商业、艺名、敬称、族名、武家、归化等，其中以地名姓占最多：山口、石川、中山、高桥、松阪、桥本、清水、伊东、中村、山本、田中、小林等皆为地名。亦有少数姓氏为单姓，日本普遍的“林”、“森”、“关”、“岛”均与中国或其他地方同字姓氏并无关系。
氏
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古代日本只有名没有姓。公元四世纪末，大和王权把西日本的很多小国统一为一个国家，形成以大王（即后来的天皇）为首，并与豪族联合组成的统治集团，豪族的同族集团叫做氏，一个“氏”也就是一个豪族。此时的氏并不只是父系或母系家族概念，它并非自然的社会集团，而是大王以承认豪族独占或世袭官职的权力，借助豪族对农民进行间接统治。而这些“氏”，就按照其职务、领地、居住地来命名，称为“氏名”，如“出云氏”、“忌部氏”、“中臣氏”（后来的藤原氏），也有氏名来自神名、技艺的。[1]
姓
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主条目：姓 (日本政治结构)和八色姓
另外，大和朝廷为了维护统治秩序，分别给贵族颁赐臣、连、造、君、直、县主、村主、宿祢等约30个“姓”（カバネ）。这种姓是用来表示豪族的地位、门第、职务的世袭称号 ， 是除了皇亲外的贵族用来区分身份地位的标志，体现大和王权与各氏族之间政治关系的。[1][2]“氏”与“姓”合称“氏姓制度（日语：氏姓制度）”。
大化改新后，天武天皇十三年（公元684年），天武天皇颁布诏令废除了原来的氏族制度体系，将诸氏族的姓重新整理，并按等级排序为以下八种新的姓氏：真人（マヒト）・朝臣（アソミ）・宿禰（スクネ）・忌寸（イミキ）・道師（ミチノシ）・臣（オミ）・連（ムラジ）・稲置（イナギ），称为八色姓。[3]这一改革的动机与意图，主要是为了推动律令制建设，打破传统豪族势力依托的氏族制度。八色姓制度允许低位阶官员激励通过努力表现获赐姓、改姓进而晋升，为官僚体系、社会流动注入了竞争力，；同时通过赐姓，朝廷还加强了对地方和氏族的控制，构建了明确的等级秩序，巩固律令制国家与社会，达成中央集权的目标。[4]
苗字
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随着律令体制的崩溃，平安时代中期以后“氏”、“姓”逐渐形式化，从西元9至10世纪起，出现了新的姓氏称呼——“名字”，后来写作“苗字”（苗是分支的意思）。由于社会的发展，原有的氏族分成若干个家族，这些家族一般以其职业、居住地、官职名或以其私有土地的地名的假名相称，这些称呼便成了“苗字”。苗字其实是一个家族从氏族本家分离出去后产生的新的姓氏。
然而古代的氏姓仍然被保留，以象征、塑造家族地位，如德川家康的正式称谓“源朝臣德川家康”，即“源氏朝臣姓、名字德川讳家康”，但由于人们喜好攀附著名氏族、高级姓，因此氏姓已经失去作为人名、表示亲属关系的实际功能。[5]江户时代武士普遍使用“苗字”的方式作为姓氏，平民则不可公开使用苗字。但另一方面，朝廷、公家直到江户时代都不把“苗字”视为正式的人名，朝廷的文件中不会使用“近卫”、“九条”、“西园寺”等苗字，而是采用传统的氏名，如“藤原”、“源”、“平”、“橘”，在朝廷的正式文件中“氏+姓”的形式依然保留，例如“源朝臣”，但在其他情况下姓常被省略。[6]
现代日本姓氏
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明治维新后，朝廷与一般社会在人名观念上的分歧，在明治政府整顿人名规定的过程中引发了一系列混乱。明治政府初期的核心人物多为公家出身，他们倾向于按照朝廷的传统习惯进行人名管理，致力于恢复古代的姓名形式。1869年的《官位记》规定按姓（原本的氏）、尸（原本的姓）和名讳的顺序书写人名，例如：伊藤博文被记为“越智宿祢博文”，这些姓尸是否真实并不明确，但它们被天皇及朝廷视为必要称谓。[7]
然而日本社会已习惯于使用通称或苗字为日常称呼，而重视古代氏姓的规定与实际社会大相径庭。当明治政府要求各藩以提交职员名册时，产生了姓尸不明的问题，对行政事务造成了阻碍。随着藩阀逐渐控制明治政府，人名规定的复古趋势开始发生转变。1871年明治政府颁布《姓尸不称令》，规定在所有公文书中取消使用“姓尸”，仅使用“苗字”和“实名”，1872年壬申户籍编纂中，正式将“氏”、“姓”、“苗字”一元化为单一的概念--“苗字”，即今日所谓“日本姓氏”，旧有的氏、姓至此彻底退出历史舞台。[8]
日本在1875年《平民苗字必称义务令（日语：平民苗字必称義務令）》[9]之前只有占人口极少数的贵族、武士才有资格在公开场合使用自己的姓氏，绝大多数人（95%以上）的苗字只能在没有武士等贵族在场的私下场合使用[10][11]。1870年（明治3年），为了征兵、征税、制作户籍等的需要，明治天皇颁布了《平民苗字许可令（日语：平民苗字許可令）》[12]容许以前不准使用姓氏的平民使用姓氏，但已习惯不称姓的日本平民对此并不热心，故工作推行缓慢。因此，于1875年（明治8年）明治天皇又颁布了《平民苗字必称义务令（日语：平民苗字必称義務令）》，规定所有日本人必须使用苗字，而僧侣等原来没有苗字或者忘记苗字的人则需要创造新姓，称为“明治新姓”[13]。
随著日本的姓氏数量极速增长，1898年，政府制定了户籍法，每户的姓这才固定下来，不得任意更改。据估计，取自明治维新之后这一时期的姓的数量不少，但不一定占绝大多数[14]。根据中国商务印书馆1981年出版的《日本姓名词典》，当时日本大概有姓氏七万条。最多的统计记录是在20世纪80年代，约14万，即平均一千人左右使用一个姓氏。